Le fonctionnement d'Aquabion repose sur le principe galvanique d'une anode consommable en zinc qui s'use lorsqu'une différence de tension (0.70-1Volt) s'établit entre l'anode de zinc et le corps métallique de l'Aquabion. En fonction des paramètres de l'eau, l'élément galvanique génère une différence de potentiel sur la surface de l'anode, ce qui provoque une agglomération des substances contenues dans l'eau autour de l'ion de zinc libéré (noyau de cristallisation).